2024年冬天的一个凌晨,窗外夜色沉沉,实验室里寂静无声,只有电脑屏幕透出微光。屏幕上突然弹出一行报错信息,原本持续运行的爬虫程序戛然而止。
这样的场景,在数据库建设过程中反复上演。一次次排查问题,一次次调整程序代码,再一次次重新运行,不过是陈松林团队三年攻坚路上一个普通的工作缩影。
近日,中国工程院院士、中国水产科学研究院黄海水产研究所研究员陈松林团队在国际学术期刊《核酸研究》发布研究成果。他们成功构建全球首个海洋硬骨鱼类综合功能与进化基因组数据库MFDB,首次系统整合了89种海洋硬骨鱼类多组学数据,还创新性地集成了多种特色分析模块和生物信息学工具,为全球海水鱼种业自主创新提供了重要的数据基础。
截至9月15日,数据库已上线23天,累计访问量已达5200余次,访问者遍布全球多个国家和地区。
陈松林(中)在指导团队成员开展实验
绕不开的“数据困境”
作为国内海水鱼领域的领军科学家,多年来,陈松林带领团队围绕海水鱼生物技术和遗传育种持续开展研究,从建立鱼类种质冷冻库、破译我国首个鱼类基因组到基因组育种技术应用,不断探索利用现代生物技术提升海水鱼育种效率。
在长期科研实践中,陈松林发现,看似简单的“找数据”,往往要耗费大量时间和精力。
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